Sus orígenes como pueblo se remonta a las primeras dos décadas del siglo XIX cuando surgió en medio de la entonces remota selva montañosa del nororiente peruano.

Esta zona estaba habitada por etnias nativas, existian dos naciones: "Los Cholones" en la cuenca del río Huallaga y los Hibitos en la cuenca del río el Huayabamba. Pero estas naciones o culturas no tuvieron mucha influencia en la población de la ciudad de Juanjui, esta naciones(Cholones y Hibitos) tuvieron más influencia en las formaciones de otros pueblos como Pachiza, Sion, el Valle, etc.

Juanjui comenzó a poblarse con inmigrantes lamistas en sus primeros años, hasta que comenzaron llegar más colonos tanto a Juanjui como a Pachiza, es así que llega al lugar el Capitán Español José Gaspar López Salcedo para posterior fundar Juanjui el 24 de septiembre de 1827.

Juanjui es una contracción de "Juan Huido".

Se dice que el pionero de estos inmigrantes fue un nativo llamado Juan, que huyó de Lamas, bien por los maltratos recibidos o perseguido por la justicia de los misioneros. Vino a dar por estos territorios y a convivir con algunos pobladores del lugar. Luego de algunos años volvió a Lamas y trajo consigo a su familia y algunas otras familias que vinieron atraídos por las referencias de la abundancia de animales silvestres. Esta inmigración se intensificó aún más al producirse la independencia. Para entonces este lugar ya era conocido en Lamas como las tierras de "Juan Huido", con ello llegaron más inmigrantes lamistas.

Es asi que el Capitán Español José Gaspar López Salcedo que ya vivia en Lamas atraido por la noticia, en compañía de amigos decidieron viajar al lugar de "JUAN HUIDO" conocido tambien como ceserío de Chacho, después del cual hizo otros viajes más, en el último decidió hacerlo con su esposa y su hijo peruano, con la intención de quedarse allí. Posterior funda Juanjui y elige el nombre que es una contracción de "Juan Huido".

Era el año 1826, formando ya parte de la población de Chacho, se percató que el lugar ideal para ampliar el pueblo, era la pampa aledaña a la margen izquierda de la quebrada de Juanjuicillo, pero el curaca “Llullunco” se oponía férreamente a esto. López Salcedo tuvo que esperar a que muriera el curaca para convencer a la gente de la necesidad de reubicar el poblado con miras a un futuro desarrollo. La tarea duró muchos meses, debido a que se tuvo que tumbar árboles, luego de lo cual se trazó el cuadrilátero de lo que sería la Plaza de Armas, lotizándose los terrenos del contorno y cuadras cercanas. Se fundó la capilla en el lugar donde ahora se ubica el ex cine Lux y allí se hizo la ceremonia de fundación de la nueva ciudad el 24 de septiembre de 1827.

Luego de adquirir la categoría de Capital de Provincia, que se llevó a cabo el 2 de julio de 1940, la ceremonia de inauguración contó con una comitiva oficial presidida por el Prefecto del Departamento, Lorenzo Souza Iglesias; también estuvieron presentes Leonardo Hidalgo Reyes, diputado por la provincia de Rioja que también representaba a Víctor Manuel Arévalo Delgado Senador del Departamento, Néstor H. Escudero, diputado por la provincia de Lamas; el subprefecto de la Provincia del Huallaga Abigaíl Solsol Muñoz y Guillermo Pérez Rengifo, alcalde de la Provincia del Huallaga. El primer Alcalde de Juanjui, elevado como Provincia fue el Cura español Tomas Pestana Aguirre,y por otros conocido también como Tomas Pestana Mariño.

En la actualidad la provincia de mariscal caceres(Juanjui), es una de las primeras en exportar cacao a holanda, Suiza, entre otros. Su buen cacao es reconocido a nivel global, la empresa ACOPAGRO es la primera que sobresalió frente a otras empresas del mismo rubro.

En el Turismo, en estos últimos años Juanjui es visitado por muchos turistas extranjeros y nacionales debido que hay empresas privadas que apostaron en crear paquetes turísticos a lugares maravillosos que tiene la provincia como: Las catarata del Breo, Parque Nacional del Río Abiseo, la Ruta del Cacao y el Museo de Pachiza. De igual manera los gobiernos municipales de la provincia dieron más interés en este tema y hoy va teniendo su fruto en ser conocidos. Hay otros potenciales turísticos que pueden ser aprovechados dentro de ellos tenemos al Gran Pajatén..

Referencia bibliográficas: es.wikipedia.org